서울중앙지검 조사부(박은석 부장검사)는 KBS가 2005년 세무당국을 상대로 진행된 법인세 등 부과취소 청구소송 항소심에서 승소 가능성이 높아 3431억 원의 환급액을 받을 수 있었음에도 정연주 사장이 556억만 받아 회사에 2875억 원의 손해를 봤다는 주장에 대해 진위 여부를 조사 중이다.
검찰은 지난달 KBS 전 법무팀 직원이 “2005년 KBS 세금환급 소송 당시 승소 가능성이 높았음에도 사장직 유지를 위해 정 사장이 소송을 중단해 회사에 2875억 원의 손해를 끼쳤다”며 배임혐의로 정연주 사장을 형사고발, 수사에 착수한 것이다.
검찰은 조만간 정연주 사장을 소환해 당시 소송이 KBS에 유리한 상황이었는데도 의도적으로 KBS측이 조정을 통해 소송을 마무리했는지 여부를 조사할 예정인 것으로 알려졌다.
검찰은 그 동안 KBS 관계자들을 소환해 소송을 끝까지 진행했을 경우 승소할 가능성이 있었는지, 정 사장이 이를 알고 있었는지 여부 등을 조사해왔다. 또 국세청으로부터도 관련 자료를 넘겨받아 분석해 왔다.
KBS는 1996~2000년 서울지방국세청 등이 수신료 등에 대해 부과한 2300억 원의 법인세 등을 취소하라는 내용의 소송을 제기했고 2004년 8월 서울행정법원으로부터 청구액의 대부분인 1990억 원을 취소하라는 내용의 원고승소 판결을 받았다.
이에 대해 서울지방국세청 등이 항소, 서울고법에서 항소심 재판이 진행중이었으나 KBS는 서울지방국세청 등과 500여 억 원을 돌려받기로 합의하고 2006년 1월 소송을 취하한 바 있다.